在学园都市制作的宇宙升降机"恩底弥翁"完成在即的某一天，上条当麻和茵蒂克丝与一位无能力者（Lv0）少女鸣护亚丽莎相遇了。
茵蒂克丝与艾丽莎两人因为"旺盛的食欲"这样谜一般的羁绊而意气相合起来，就在三人享受放学后的愉快时光之时，带着魔术师的史提尔突然发动了袭击。而本次袭击的目标正是艾丽莎。为何身为科学世界的艾丽莎会被魔法世界的人追击？因为受到了魔法世界的强烈攻势，学园都市一侧的莎特奥拉·塞昆齐亚率领着秩序维护部队开始了行动。
上条与茵蒂克丝还有阿丽莎他们因被卷入这样的状况而极度混乱迷茫，史提尔对他们这样说道："那里的她，将会引发魔法世界跟科学世界之间的战争。"
在科学与魔术魔法交汇之时，以"恩底弥翁"为舞台的故事开始了！
[staff]
原作：镰池和马
插画：灰村清孝（电击文库/ASCII MEDIA WORKS刊）
监督：锦织博
故事原案·构成：镰池和马
脚本：吉野弘幸
角色设定：田中雄一
战斗机器设定：明贵美加
美术监督：黑田友范
色彩设定：安藤智美
摄影监督：福世普吾
CG制作：三次元
编集：西山茂
音乐监督：明田川仁
音乐：井内舞子/I've sound/IMAGINE
动画制作：J.C.STAFF
制作：PROJECT-INDEX MOVIE
配给：华纳兄弟影业
[cast]
上条当麻:阿部敦
茵蒂克丝:井口裕香
御坂美琴:佐藤利奈
一方通行:冈本信彦
鸣护亚丽莎:三泽纱千香
史提尔·马格努斯:谷山纪章
神裂火织:伊藤静
土御门元春:胜杏里
白井黑子:新井里美
初春饰利:丰崎爱生
佐天泪子:伊藤加奈惠
御坂妹(御坂10032号):佐佐木望
最后之作:日高里菜
月咏小萌:古山贵实子
姬神秋沙:能登麻美子
雷蒂丽·唐格罗德:佐仓绫音
莎特奥拉·塞昆齐亚:日笠阳子