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浮岛神社位于自古以来就以湖为信仰的一个风光秀丽的小镇中。浮岛神社中的巫女 更衣小夜，和作为神主的父亲 更衣唯芳一起生活。小夜在私立中学三荊学园读二年级，虽然平时和同学一起尽情享受着学校的生活，但另一方面，却受父亲之命在执行着一个「使命」——狩猎「古物」。
古物 即拥有远远超越人类的力量，以人类为食的怪物。唯一能打败「古物」的小夜，为了从「古物」手中保护人类，为了最爱的父亲，手持浮岛神社代代相传的御神刀一个人，战斗。小夜的命运最终将何去何从！